มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ เป็นมหาวิทยาลัยขนาดกลาง โดยมีปณิธานของมหาวิทยาลัยว่า “สร้างคน สร้างความรู้ สร้างคุณภาพ” ตามพระราชปณิธานของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีที่จะ “ปลูกป่า สร้างคน” อนุรักษ์และฟื้นฟูธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พัฒนาคุณภาพชีวิตผู้ด้อยโอกาสด้วยการศึกษาระดับสูง พัฒนาทรัพยากรบุคคลที่มีคุณภาพ แสวงหาองค์ความรู้ใหม่ เพื่อพัฒนาบ้านเมือง และธำรงไว้ซึ่งประเพณีและศิลปวัฒนธรรมที่ดีงามของชาติพันธุ์ต่าง ๆ ในภาคเหนือ และภูมิภาคลุ่มน้ำโขงตอนบน โครงสร้างและระบบการบริหารมหาวิทยาลัย มีหลักการแบ่งสายงานการบังคับบัญชาคล้ายๆ กับของมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช นั่นคือ มีสภามหาวิทยาลัย สภาวิชาการ แต่มีการบริหารงานเป็นลักษณะของการรวมศูนย์ กล่าวคือ การบังคับบัญชาของมหาวิทยาลัย ประกอบ อธิการบดีมหาวิทยาลัย มีที่ปรึกษาอธิการบดี รองอธิการบดี ผู้ช่วยอธิการบดี สำนักวิชา ศูนย์ สำนักงานบริหารส่วนกลาง และสำนักงานวิชาการ การบริหารงานของ ม.แม่ฟ้าหลวง มีการบริหารงานแบบรวมศูนย์ นั่นคือ รองอธิการบดีของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงไม่ได้มีการแบ่งงานให้ดูแลรับผิดชอบโดยตรงเหมือนของ มสธ. จะขึ้นอยู่กับ อธิการบดีว่าจะมอบหมายให้รองอธิการบดีท่านใดดูแลงานอะไรบ้าง และเมื่องานที่ได้รับมอบหมายดำเนินการเรียบร้อยแล้ว ก็อาจจะได้รับงานด้านอื่นๆ ส่วนสำนักวิชาของ ม.แม่ฟ้าหลวง ก็เปรียบได้กับสาขาวิชาของ มสธ. ในส่วนของศูนย์มีลักษณะเป็น งานบริการด้านเทคโนโลยีและสื่อบริการทางวิชาการให้กับหน่วยงานอื่นๆ ได้แก่ ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ศูนย์บรรณสารและสื่อการศึกษา ศูนย์บริการเทคโนโลยีสารสนเทศ ศูนย์ภาษาและวัฒนธรรมจีนสิรินธร ศูนย์บริการวิชาการ ซึ่งจะแตกต่างกับ มสธ. สำนักงานบริหารส่วนกลาง มีลักษณะเป็นงานด้านการอำนวยความสะดวกของการบริหารงานบุคคล ได้แก่ ส่วนสารบรรณ อำนวยการและนิติการ ส่วนการเจ้าหน้าที่ ส่วนนโยบายและแผน ส่วนพัสดุ ส่วนการเงินและบัญชี ส่วนประชาสัมพันธ์ ส่วนอาคารสถานที่หน่วยประสานงานมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง กรุงเทพฯ สำนักงานวิชาการ ของม. แม่ฟ้าหลวง แบ่งงานออกเป็นส่วนต่างๆ ได้แก่ ส่วนทะเบียนและประมวลผล ส่วนบริการงานวิจัย ส่วนประกันคุณภาพการศึกษาฯ ส่วนพัฒนา ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ ส่วนพัฒนานักศึกษา ส่วนประสานงานบัณฑิตศึกษา ส่วนจัดหางานและฝึกงานของนักศึกษา โครงการจัดตั้งสถาบันชา โครงการจัดตั้งหน่วยความร่วมมือทางวิชาการฝรั่งเศส อนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง ซึ่งสาระสำคัญ ของการไปศึกษาดูงานที่ ม.แม่ฟ้าหลวง ในครั้งนี้ คือ

  สำนักงานวิชาการ เกี่ยวกับการประกันคุณภาพการศึกษาและการพัฒนาหลักสูตร โดยที่ฝ่ายพัฒนาหลักสูตรมีหน้าที่ ประสานงานการจัดทำหลักสูตรใหม่ /หลักสูตรปรับปรุง การประเมินหลักสูตร การจัดการเรียนการสอนร่วมกับหน่วยงานอื่น การจัดแผนการศึกษา การบริหารรายวิชา/เทียบเท่ารายวิชา /เทียบโอนรายวิชา การประชุมสภาวิชาการ/ การประชุมอื่น ที่ได้รับมอบหมาย และการประสานงาน การดำเนินการตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรทุกระดับ การพัฒนาหลักสูตร จะอยู่ในความรับผิดชอบของแต่ละสำนักวิชา โดยจะมีคณะกรรมการประจำสำนักวิชา พิจารณาหลักสูตรและรายละเอียด เกี่ยวกับหลักสูตรของสำนักวิชาก่อนที่จะเสนอต่อสภาวิชาการ เพื่อพิจารณากำหนดหลักสูตร การสอน และ การวัดผลการศึกษา และเสนอไปยังสภามหาวิทยาลัยอนุมัติการเปิดสอนซึ่งหลักสูตรการศึกษาต้องสอดคล้องกับมาตรฐานที่ สกอ. กำหนด รวมทั้งการยุบ รวม และยกเลิกหลักสูตรและสาขาวิชา การดำเนินงานของม.แม่ฟ้าหลวงจะเน้นการใช้ประโยชน์ จากธรรมชาติหรือทรัพยากรที่มีอยู่ในท้องถิ่น เช่น การผลิตครีมจากเมล็ดลำไย ที่มีสรรพคุณด้านการชลอริ้วรอยของ ใบหน้า เป็นต้น นอกจากในปีการศึกษา 2551 ม.แม่ฟ้าหลวงเตรียมที่จะเปิดสำนักวิชาเวชศาสตร์ต้านชรา-ฟื้นฟูสุขภาพ เน้นผลิตแพทย์เชี่ยวชาญ ช่วยเยียวยาผู้สูงวัยให้ มีอายุยืน