พระมณฑปน้อยที่ประดิษฐานรอยพระพุทธบาท สร้างสมัยพระเจ้าทรงธรรม แต่เดิมมีทองคำหุ้มอยู่ ต่อมาได้ถูกพวกจีนที่อาสาต่อสู้กับพม่า ลอกเอาทองคำไป แล้วยังเผาพระมณฑปด้วย รัชกาลที่ 1 ได้ทรงปฏิสังขรณ์เมื่อ พ.ศ. 2330 และได้รับการปฏิสังขรณ์เพิ่มเติมในรัชกาลที่ 3 และรัชกาลที่ 4
                  พระมณฑปใหญ่ สร้างในสมัยพระเจ้าทรงธรรมเดิมเป็นพระมณฑปยอดเดียว ได้รับการเปลี่ยนแปลงเครื่องบนให้เป็นพระมณฑป 5 ยอด ในรัชกาลพระเจ้าเสือ (พ.ศ. 2246-2251) แต่การปฏิสังขรณ์ได้ตกค้างมาจนถึงรัชกาลพระเจ้าท้ายสระ (พ.ศ. 2251-2275) ครั้นในรัชกาลที่ 1 ได้ทรงเปลี่ยนให้เป็นมณฑปยอดเดียวอีก ต่อมาจนถึงสมัยรัชกาลที่ 6 ได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนยอดจากไม้เป็นคอนกรีต ทั้งตัว เมื่อ พ.ศ. 2265 และสมเด็จพระพุฒนาจารย์ (นวม) วัดอนงคาราม ได้จัดการซ่อมครั้งหลังสุด เมื่อ พ.ศ. 2477-2478 สูงประมาณ 37.25 เมตร เครื่องบน และเสาลงรักปิดทองและประดับด้วยกระจกสีต่าง ๆ รอบผนังด้านนอก ประดับด้วยทองแดงฉลุลายเทพนมบนกระจกสีน้ำเงิน ผนังด้านในถือปูนถึง 3 ชั้น
                    ชั้นแรก  ถือปูนแล้วทาสีแดง เชื่อกันว่า ทำในสมัยรัชกาล ที่ 1
                    ชั้นที่ 2 ถือปูนแล้วปิดทองทึบ ทำในสมัยรัชกาล ที่ 3
                    ชั้นที่ 3 ที่เห็นในปัจจุบัน ประดับลายทองเป็นรูป พระเกี้ยว ปูลาดด้วยแผ่นเงิน เปลี่ยนเป็นเสื่อเงิน สมัยรัชกาลที่ 4
     งานนักขัตฤกษ์ประจำปีของเทศกาลพระพุทะบาท มี 2 ช่วง คือ ช่วงขึ้น 1 ค่ำ เดือน 3 ถึงวันแรก 1 ค่ำ เดือน 3 ครั้งหนึ่ง กับวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 4 ถึงวันแรก 1 ค่ำ  เดือน 4  อีกครั้งหนึ่ง คำให้การของขุนโขลน ซึ่งพิมพ์ในประชุมพงศาวดารภาคที่ 7 บันทึกเกี่ยวกับ รอยพระพุทธบาทไว้ว่า
                รัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม มีพระสงฆ์ไทยพวกหนึ่ง เดินทางไปนมัสการรอยพระพุทธบาทที่เขาสุมนกูฏ ลังกาทวีป พระเจ้าเทวานัมปิยะติสสะ จึงตรัสแก่คณะสงฆ์ ไทยว่า รอยพระพุทธบาทที่อยู่ ณ กรุงศรีอยุธยา บนยอดเขาสุวรรณบรรพต ทิศเหนือกรุงศรีอยุธยา พร้อมกับทรงพระราชอักษรเป็นราชสาส์นถวายมายัง พระเจ้าทรงธรรม เมื่อพระเจ้ากรุงศรีอยุธยา ได้ทราบความในพระราชสาส์นของพระลังกาแล้ว จึงมีพระราชโองการตรัสแก่เสนาบดีให้ออกป่าวร้อง แก่ประชาราษฎร์ให้เที่ยวค้นหารอยพระพุทธบาท ให้จงได้
                 นายพรานผู้หนึ่งชื่อบุญ เที่ยวยิงเนื้อในแคว้น ปะรัตนครราชธานี นายพรานนี้ถือสัตว์มั่นคง จะยิงตัวดำ ถ้าตัวแดงขวางก็ไม่ยิง ถ้าจะยิงตัวเมีย ตัวผู้มาขวาง ก็ไม่ยิง วันหนึ่งนายพรานยิงเนื้อตาย พอพระฤๅษีลงไป สรงน้ำที่ท่าวัด นายพรานจึงสั่งพระฤๅษีว่าช่วยบอก พระคงคาให้ไหลขึ้นมาจะล้างเนื้อ พระฤๅษีจึงว่า ตนเอง สวดมนต์ภาวนาอยู่ทุกวันค่ำเข้ามิได้ขาด ตังแต่หนุ่มจนแก่ ก็ไม่เคยเรียกพระคงคาไหลขึ้นมา บนเขาได้ ต้องลงไปอาบน้ำถึงท่าวัด แต่นายพราน ฆ่าสัตว์อยู่เป็นนิจ จะสั่งให้พระคงคาไหลขึ้นมาหา ถึงบนเขาได้อย่างไร นายพรานจึงให้ไปบอก  เมื่อพระฤๅษีลงไปที่ท่าวัด และบอกแก่พระคงคาตามสั่ง พระคงคาก็ไหลขึ้นไปที่นายพรานยิงเนื้อไว้นั้น นายพรานจึงยกเอาก้อนศิลากั้นน้ำไว้ให้เป็นขอบคันบ่ออยู่ นายพรานจึงล้างเนื้อในบ่อนั้น จนกลายเป็น "บ่อพรานล้างเนื้อ" ในปัจจุบัน
                ต่อมาวันหนึ่ง นายพรานยิงเนื้อจนบาดเจ็บ มัหลบหนี ขึ้นไปบนไหล่เขา ปรากฏว่า เนื้อนั้นกลับหายจากบาดเจ็บ เป็นปกติ นายพรานเห็นประหลาด จึงเข้าไปดูในถสานที่นั้น เห็นศิลานั้นเป็นล้ินถอด มีน้ำขังอยู่ไม่มาก แต่พอเนื้อได้ดื่มกิน นายพรานจึงตักน้ำ มาดื่มและลูกกาย เกลื้อนกลากก็หายไป นายพราน จึงชักลิ้นศิลาถอดที่ปิดฝ่าพระพุทธบาทนั้นออก ตักน้ำให้แห้ง จึงได้เห็นพระลายลักษณ์เป็นกงจักร ปรากฏอยู่ นายพรานคิดว่าเป็นรอยของคนโบราณ จึงมิได้บอกเล่าผู้ใด เมื่อข้าหลวงกรมการเมือง พบนายพรานจึงไต่ถาม นายพรานจึงเล่าให้ฟัง แล้วนำขึ้นไปยังรอยพระพุทธบาท และพากันไปกราบทูล พระเจ้าทรงธรรมได้ทรงทราบว่า รอยพระพุทธบาท สถิตอยู่เหนือยดเขาสุวรรณบรรพต จึงโปรดเกล้าฯ ให้ก่อเป็นฝาผนังหลังคามุงกระเบื้องอย่าง วัดเจ้าพระยาเชิง  (วัดพนัญเชิง อยุทธยา) ให้เป็นร่มพระบาทไว้ ตั้งให้นายพรานเป็น ขุนสัจภัณฑ์คีรีนพคูหาพนมโชลน นับแต่นั้นมา